Википедия
WIN.COM — исполняемый файл , загружающий Windows серий 3.x и ранее, и позднее в 9x . В Windows 3.x и более ранних, этот файл должен запускаться либо вручную из командной строки DOS, либо его можно запускать командой в AUTOEXEC.BAT . В Windows 9x этот файл запускается автоматически ядром IO.SYS после обработки файла AUTOEXEC.BAT.
Повреждение файла WIN.COM приводило Windows в неработоспособное состояние и ранние вирусы были «нацелены» на уничтожение или повреждение этого файла.