Толковый словарь русского языка. Д.Н. Ушаков
флаг-капитана, м. (воен. мор.). Лицо, исполняющее обязанности начальника штаба флагмана (флагман в 1 знач.).
Большая Советская Энциклопедия
в русском ВМФ старший офицер в штабе командующего флотом (соединением), выполнявший обязанности начальника штаба, когда такая должность не предусматривалась штатами. В штабах командующих флотами (по положению 1914) были предусмотрены Ф. к. оперативной и распорядительной части.
Википедия
Флаг-капитан — должность в военно-морском флоте , соответствующая начальнику штаба флота или соединения кораблей (в случае, если эту должность занимал штаб-офицер, а не адмирал ). Флаг-капитану подчиняются все остальные офицеры штаба. В английском флоте XVIII — XIX века флаг-капитан командовал флагманским кораблём эскадры или флота . В российском императорском флоте в штабах командующих флотом предусматривались две флаг-капитанские должности: по оперативной и распорядительной части. Согласно статье 110 Морского устава российского императорского флота, флаг-капитан не мог возглавить эскадру после гибели командующего, и командование должно было перейти к старшему из флагманов .
В XVIII веке флаг-капитан представлял в своём лице весь походный штаб командующего, но эта должность означала практически автоматическое получение отличий в случае успешных боевых действий флота, даже если её обладатель лично ничем не отличился в бою.
Примеры употребления слова флаг-капитан в литературе.
Флаг-капитан наконец-то признал, что все трое диверсантов, проникших на борт шаттла, принадлежали к персоналу перезарядной станции.
Бывший зачем-то в эту минуту в адмиральской каюте флаг-капитан адмирала, худощавый, чистенький и прилизанный молодой белобрысый капитан-лейтенант Ратмирцев, щеголявший изысканными, великосветскими манерами и ханжеством, испуганно взглянул на адмирала, которого боялся больше, чем моря, и в душе презирал за грубые манеры.
Невдалеке от адмирала находился флаг-капитан Аркадий Дмитриевич, как всегда - чистенький, прилизанный и прифранченный, в своей адъютантской форме, но душившийся после Сан-Франциско уже не опопонаксом, а пачули, которые пока не вызывали еще неудовольствия адмирала.
Вот и сейчас он первым дал решительного пинка под зад невидимому четвертому спутнику - молчанию - и в юмористическом тоне описал свое вчерашнее пивное возлияние в компании с флаг-капитаном Фатингаром ла Норексом по прозвищу Фатингар-Усач.
Флаг-капитан Монтгомери быстро пробежал взглядом по лицам сидящих за столом, одновременно отстегивая пристяжной ремень.
Источник: библиотека Максима Мошкова